Heiligenhafen ist ein staatlich anerkanntes Seeheilbad und bis heute ein wichtiger Fischereistandort. Der Ortskern liegt an einer Bucht (deren künstlich abgetrennter Teil als Binnensee bezeichnet wird, jedoch Zugang zur Ostsee hat), die durch eine vorgelagerte Landzunge, bestehend aus Steinwarder und Graswarder, von der Ostsee getrennt ist. Der Graswarder ist Vogelschutzgebiet. In der Nähe des Ortes befindet sich auch eine Steilküste, man kann hier also drei für die Ostseeküste typische Elemente des Uferbereiches überblicken, das Kliff, die Strandwälle und den Sandstrand.